Kartalspor 18.08.1949 tarihinde o zamanki Bahar Lokantası’nda Kartal’ın ileri gelenleri Mustafa Gürsel, Haluk Akan, Mustafa Karakaş, Enver Ersoylu, Sadettin Oral, İsmail Perin, Vahit Kınay tarafından kuruldu.

1964 yılına kadar faaliyetlerini gayri federe olarak sürdürdü. 22.02.1965 tarihinde o zamanki ismi Beden Terbiyesi Genel Müdürlüğü’nce tescil edilerek federe olarak İstanbul ikinci amatör kümede mücadele etmeye başladı. 1968–1969 futbol sezonunda İstanbul 1. amatör kümeye yükseldi. 1984-1985 yılında kurulan Türkiye üçüncü liginde profesyonel olarak mücadele etmeye başladı. 1987–1988 sezonunda 3. lig 9′uncu grupta son maçı olan 15 Mayıs 1988 günü Sarıyer Yusuf Ziya Öniş stadında oynanan DSİ maçını 3-1 kazanıp, şampiyon olarak Türkiye ikinci ligine yükselme başarısı gösterdi. 2000-2001 sezonu sonuna kadar 2. ligde oynayan kulüp, 2001′den itibaren Lig B’de oynamaya başladı. 2006-2007 sezonunda önce 3. grubu lider bitirdi, ardından kötü başladığı Yükselme Grubu’na daha sonra ağırlığını koyan Kartalspor, grubu 2. bitirerek Lig A’ya çıkmaya hak kazandı.